
Ministerstvo spravodlivosti sa voči takejto argumentácii v rámci pripomienkového konania ohradilo a novelizáciu zákona odmietlo. Naopak poukázalo, že forma neziskovej organizácie nie je vhodnou právnou formou pre pôsobenie zdravotníckeho zariadenia, a to najmä z dôvodu absencie kontrolných mechanizmov. "Ministerstvo je názoru, že najvhodnejším riešením by bolo, aby sa takéto neziskové organizácie pretransformovali na inú právnu formu (akciovú spoločnosť alebo spoločnosť s ručením obmedzením, prípadne inú osobitnú formu zdravotníckeho zariadenia)," domnieva sa rezort. Transformácia podľa neho neprinesie okrem odlišného právneho rámca, v akom bude nemocnica pôsobiť, a tiež odlišného spôsobu riadenia, inú zásadnú zmenu do fungovania zdravotníckych zariadení, ktorá by mohla ohroziť ich chod. "Práve naopak, vytvorí sa priestor na ustanovenie pravidiel a kontrolných mechanizmov, ktoré v každom časovom priestore zabezpečia kontrolnú a riadiacu úlohu štátu zodpovedajúcu jeho majetkovej účasti v organizácii," konštatuje.
Rezort spravodlivosti nesúhlasil s návrhom na zrušenie úlohy a odporučil požiadať iba o zmenu termínu jej splnenia. Pôvodne mala byť vypracovaná do 30. júna 2008. V prekladacej správe materiálu sa uvádza, že rozpor s ministerstvom bol odstránený.
SITA